6 октября 1993 года Джордан объявил о своём уходе, сославшись на потерю интереса к баскетболу. Позже Майкл заявил, что убийство его отца в этом году лишь подтолкнуло к этому решению. Джеймс Р. Джордан-старший был убит 23 июля 1993 года в зоне для отдыха на шоссе в Ламбертон, Северная Каролина, двумя подростками, Даниэлем Грином и Ларри Мартином Демери. Нападавшие были пойманы, осуждены и приговорены к пожизненному тюремному заключению.
В автобиографии 1998 года «За любовь к игре» Джордан напишет, что он готовился к завершению карьеры уже летом 1992 года. Истощённый играми за Дрим Тим на Олимпийских Играх 1992 года, Джордан потерял интерес к игре, и его постоянно беспокоил статус знаменитости. Заявление Джордана повергло в шок НБА и появилось на первых страницах газет всего мира.
31 марта 1994 года Джордан удивил спортивный мир, подписав договор с «Chicago White Socks». Джордан заявил, что он решил осуществить мечту своего покойного отца, который видел в своём сыне игрока бейсбольной лиги. Команда «Уайт Сокс» принадлежала владельцу «Буллз» Райнсдорфу Джерри, который платил Джордану в течение его бейсбольной карьеры по контракту НБА. В течение короткой профессиональной карьеры в бейсболе Джордан выступал за «Бирмингем Баронс», а также играл за «Скоттсдейл Скорпионз» в 1994 году. Средний процент отбивания у Джордана во время его выступлений за «Бирмингем Баронс» составлял 20,2 %. В этом же году вышло два полудокументальных фильма «Michael Jordan`s Playground» и «Come fly with me».
Сезон 1993/94 «Чикаго Буллз» в отсутствии Джордана закончили с показателями 55-27, проиграв «Нью-Йорк Никс» во втором раунде плей-офф. В сезоне 1994/95 «Буллз» были бледной тенью команды двухгодичной давности. Однако команда переродилась, когда Джордан решил вернуться в НБА в составе «Чикаго».
18 марта 1995 года Джордан объявил о своём возвращении в НБА кратким заявлением: «Я вернулся». На следующий день Джордан надел майку номер 45 (его номер с Баронами), так как 23 номер был выведен из обращения в его честь. В первой игре против «Индиана Пэйсерс» в Индианаполисе он набрал 19 очков. Матч получил самый высокий телевизионный рейтинг среди игр регулярного сезона НБА с 1975 года.
Хотя Джордан и пропустил полтора года, играл он на прежнем уровне — уже в четвёртой игре после своего возвращения, против «Атланта Хокс», Майкл совершает победный бросок, а в матче против «Никс» в «Медисон-сквер-гардене» 28 марта 1995 года Джордан набрал 55 очков. Усилившись Джорданом, «Буллз» вышли в плей-офф и дошли до полуфинала в Восточной конференции, где встретились с «Орландо Мэджик». В конце первой игры серии игрок Орландо Ник Андерсон выбил мяч у Джордана со спины при броске, позже заметив, что Джордан «не похож на старого Майкла Джордана». Уже в следующей игре Джордан вернул себе старый номер (23), но, несмотря на 31 очко за игру в этой серии, «Орландо» выиграли в шести матчах.